Франческо был младшим братом Алессандро Скарлатти и, по свидетельствам современников, получил своё первое серьёзное назначение при Неаполитанском королевском дворе при содействии Алессандро, который в то время занимал должность капельмейстера вице-короля Неаполя. Биографы отмечают, что Франческо нередко оказывался в тени более знаменитого брата, чья карьера и влияние были значительно масштабнее.
