Мориц Мильднер учился в Пражской консерватории у Фридриха Вильгельма Пиксиса, который был профессором скрипки этого учебного заведения в 1811—1842 годах и одним из создателей чешской скрипичной школы. Под руководством Пиксиса Мильднер получил профессиональную скрипичную подготовку и в 1828 году стал одним из первых выпускников консерватории.
Помимо учебы, Мильднер продолжал сотрудничество со своим наставником: он играл вторую скрипку в квартете под руководством Пиксиса, который организовывал первые в Праге публичные квартетные концерты. Это участие углубило его профессиональные связи с учителем и оказало значительное влияние на его дальнейшую музыкальную карьеру.
