Джованні Кроче навчався у свого земляка Джозеффо Царліно, який у 1565 році, коли Кроче було лише вісім років, знайшов його у хорі кафедрального собору Кіоджі та привів до Венеції. Царліно ввів юного Кроче як півчого контральто до капели собору Сан-Марко, де той перебував під його безпосереднім керівництвом.
У Венеції Кроче продовжив навчання під наставництвом Царліно, який на той час був капельмейстером Сан-Марко та одним із найвпливовіших музичних теоретиків XVI століття. Саме під проводом Царліно він отримав фундаментальну музичну підготовку, що визначила подальший розвиток його композиторського стилю.
