Шарль Куперен був братом Луї Куперена. У день Різдва 1661 року Шарль отримав шестирічний контракт у церкві Сен-Жерве, щоб змінити свого покійного брата Луї Куперена на посаді органіста.
Луї Куперен був старшим сином Шарля Куперена, органіста однієї з церков у Брі; двоє його молодших братів — Шарль і Франсуа — також стали музикантами. У 1651 році, коли Луї вже жив у Парижі, слідом за ним туди вирушили і його брати.
